Ο Μαραθώνιος προέρχεται από την ιστορία του Φειδιππίδη, ενός Έλληνα αγγελιοφόρου. Σύμφωνα μ΄ αυτή ο Μιλτιάδης αμέσως μετά την περίφημη εκείνη μάχη απέστειλε τον Φειδιππίδη, που θεωρούνταν ο ταχύτερος τότε ημεροδρόμος του αθηναϊκού στρατού, από το πεδίο...
του Μαραθώνα στην Αθήνα για να αναγγείλει τη νίκη κατά των Περσών. Λέγεται ότι έτρεξε όλη την απόσταση χωρίς διακοπή και μπήκε στην Συνέλευση της Βουλής, όπου αναφώνησε "Νενικήκαμεν" (νικήσαμε) πριν καταρρεύσει και πεθάνει.. Η ιστορία της πορείας από το Μαραθώνα στην Αθήνα εμφανίζεται αρχικά στον Πλούταρχο στη “στην Δόξα της Αθήνας” του 1ου αιώνα π.χ που αναφέρει την χαμένη εργασία του Ηρακλείδη Ποντικού. Αυτός δίνει το όνομα του δρομέα ως είτε Θέρσιπος ή Ευκλής. Ο
Λουκιανός (2ος αιώνας πχ) επίσης δίνει την ιστορία αλλά ονομάζει το δρομέα Φειλιππίδη (εκ παραφθοράς του ονόματος Φειδιππίδη). Η ιστορική ακρίβεια ίσως του ονόματος δεν είναι εξακριβωμένη.. Ο
Ηρόδοτος, η κύρια πηγή για τους ελληνο-περσικούς πολέμους, αναφέρει τον Φειδιππίδη ως τον αγγελιοφόρο που έτρεξε από την Αθήνα στη Σπάρτη ζητώντας βοήθεια, και έτρεξε έπειτα πίσω, μια απόσταση πάνω από 240 χιλιομέτρων . Σε μερικά χειρόγραφα το όνομα του δρομέα μεταξύ της Αθήνας και Σπάρτης δίνεται ως Φειλιππίδης. Ο
Ηρόδοτος δεν κάνει καμία αναφορά για κανένα αγγελιοφόρο που στέλνεται από το Μαραθώνα στην Αθήνα. Αναφέρει ότι το κύριο μέρος του αθηναϊκού στρατού, που έχει αγωνίστηκε ήδη και κέρδισε την εξαντλητική μάχη, φοβάται μια ναυτική επιδρομή από τον Περσικό στόλο ενάντια σε μια ανυπεράσπιστη Αθήνα, και βάδισε γρήγορα πίσω από τη μάχη στην Αθήνα, φθάνοντας την ίδια μέρα.
Διαδρομή
Μεταξύ του Μαραθώνα και της Αθήνας υπάρχει η Πεντέλη, έτσι αυτό σημαίνει ότι, εάν ο Φειδιππίδης έκανε πραγματικά το διάσημο τρέξιμό του μετά από τη μάχη, έπρεπε να τρέξει γύρω από το βουνό. Η προφανέστερη διαδρομή ταιριάζει σχεδόν ακριβώς με τη σύγχρονη εθνική οδό Μαραθώνα-Αθήνας, που ακολουθεί την εθνική οδό προς τα νότια από τον κόλπο Μαραθώνα και κατά μήκος της ακτής, κατόπιν ένας ομαλός αλλά παρατεταμένος ανήφορος δυτικά προς την ανατολική προσέγγιση στην Αθήνα, μεταξύ Υμηττού και Πεντέλης, και έπειτα κατηφορικά προς την Αθήνα. Αυτή η διαδρομή είναι περίπου 42 χιλιόμετρα και καθορίζει τα πρότυπα για την απόσταση. Εντούτοις υπάρχει μια άλλη πρόταση, ότι ο Φειδιππίδης να είχε ακολουθήσει μια άλλη διαδρομή: μια δυτική ανάβαση κατά μήκος των ανατολικών και βόρειων προπόδων της Πεντέλης, στο πέρασμα Διόνυσος, και έπειτα μια ευθεία νότια πορεία προς τα κάτω στην Αθήνα. Αυτή η διαδρομή είναι αρκετά μικρότερη, περίπου 35 χιλιόμετρα, αλλά είναι πολύ απότομη.